Попробуйте копировать библиотеки в места расположения Ваших вариантов проектов. Тополь ищет их по пути, определенном в настройках как "Project Folder". Видимо, при запуске с проектом, расположенном по нестандартному пути, он переопределяет эту переменную на новый путь. Точнее может ответить Д.А., он в понедельник вернется из отпуска.

В окне запуска TopoL-L появляется список не папок, а конкретных проектов. Выбрать новый можно кнопкой справа - "...". Проекты TopoL-L немного отличаются от проектов чистого TopoL и при открытии последнего он будет адаптирован под задачи работы с совмещенными базами, в частности, будут добавлено дерево объектов окна карты. При сохранении проекта на выходе эти изменения также сохранятся.
В виде папки список проектов доступен из окна самого Тополя "Файл - Открыть", но в случае открытия проекта таким образом в TopoL-L связь таксации и карты будет утеряна и придется закрыть - открыть текущее лесничество.

Ну что же, если у Вас есть необходимость работать с множеством проектов, придется, видимо так. Система LesIS затачивалась именно под совмещенные БД и некие стандарты в работе. Они отличаются от подходов, принятых в "чистых" ГИС. Я, например, всегда работаю в одном проекте. Правда, у меня нет оформительских задач.

_ProjectFolder ГИС TopoL определяет автоматически при открытии проекта. Если в проекте явно не указаны пути к библиотекам, то по умолчанию они ищутся в _ProjectFolder. Можете попробовать сделать, как предложил Городничев, _WorkingDirectory в проекте Вы можете задать сами, отключив автоматическое определение этого параметра.

Что касается списка проектов TopoL, то ЛесИС их ищет в своем каталоге, который он знает, а о том, какие каталоги назначены в проекте ГИС TopoL, который Вы выбираете, он не знает. Но есть другой механизм: Windows запоминает ранее открывавшиеся файлы в выпадающем списке диалога открытия, их можно легко выбирать из него. Могу еще посоветовать использовать понятные Вам имена проектов, чтобы легче было выбирать.

Кстати относительно недавно, когда по пожеланиям наших пользователей корректировался механизм выбора проектов, этот вопрос на форуме подробно обсуждался, поищите.