Большинство программ приписывают себя в реестр по адресу:
HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE....
Достаточно редко инсталляторы спрашивают и позволяют выбрать прописку настроек программ для всех пользователей по адресу:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE
То есть, одним переносом ярлыков тут не обойтись, т.к. окружение нового пользователя не видит настроек ПО для других пользователей и соответственно настроек Тополя.

Поскольку до этого такой вопрос не вставал, сходу не отвечу, сможет ли Тополь корректно работать с HKEY_LOCAL_MACHINE. Нужно подумать и попробовать. 

А пока могу посоветовать:
1. Можно сначала попробовать перенести через импорт - экспорт содержимое реестра из разделов старого пользователя:
HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\LesIS
HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\topol
HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\TopoL Software
Но не уверен, не привязана ли к текущему пользователю по его уникальному ID регистрация библиотек...
В этом случае если при запуске сразу заглючит то ничего не делать, выйти из тополя и:

2. Переустановить Тополь заново (полная + накопительное + обновление лицензий) без "удаления старых версий" и с сохранением "настроек пользователя" в те же каталоги, что были у старого пользователя.
Теоретически программа перезапишет текущую версию, но при этом добавит в раздел реестра нового пользователя HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE все необходимое.
После установки и перезагрузки понадобится восстановить из сохраненных настроек дерево объектов... проекты... измененные библиотеки и т.п. - мне трудно оценить заочно, что Вы могли изменить. Описано тут:
http://lesis.mybb.ru/viewtopic.php?id=15#p90
А лучше перед переустановкой сделать полную копию каталога Lesis (либо переименовав его), а потом вернуть ее на место после установки "перезатерев все".

Но лучше такими вещами заниматься очень опытному пользователю... То, что я написал выше - это мои теоретические размышления. Не пробуя трудно учесть все возможные нюансы. ЗААРХИВИРУЙТЕСЬ как следует перед такими экспериментами для возможного полного отката.