Если в системе установлено два монитора в режиме расширения рабочего пространства (и программа их видит), то в меню "Вид" (над деревом данных) 4-ой должна появиться строка "Карта на втором мониторе". При включении этого режима окно TopoL должно уйти на второй монитор, а на первом остаться дерево данных и таксация (как в режиме без карты). Попробуйте, я не пробовал этот режим несколько лет и сейчас быстро нет технической возможности его попробовать. Это специальный режим автонастройки.

Если в системе два монитора, у них должно быть общее координатное пространство, координаты его отсчитываются от левого верхнего угла первого монитора, направление осей вправо и вниз. По идее программа при отключенной автонастройке на выходе запоминает для окна дерева и панели данных координаты верхней и левой границ окна и их высоту и ширину, а затем при запуске пытается восстановить их положение. В таблице Parametry базы ParametryS они фиксируются под текущим (дежурным) пользователем с идентификаторами VerGF, LevGF, VysGF, ShirGF и  VerDF, LevDF, VysDF, ShirDF. TopoL сам запоминает положение своего окна (в реестре).
Если второе окно находится по Вашей настройке их взаимного положения выше или левее первого, экранные координаты в этом окне могут стать отрицательными. Проверьте, какие координаты зафиксированы в сохраненных положениях окон? (я сталкивался с проблемами невосприятия отрицательных координат, но это было давно с Photoshop-ом, потом они решили эту проблему). Это, возможно, позволит понять проблему.

Другая версия - Windows сам пытается управлять положением окон при открытии, так как бывали проблемы на старый версиях, когда мониторов два, но второй не включен (или вообще с ноутбуком уехали на работу и он остался дома), а программа открывается вне видимости, и вытащить ее можно только клавиатурными манипуляциами - переведя на неё фокус, переключив в режим сдвигания окна клавишами и удерживая нажатыми стрелки (но надо знать, куда двигать!).

Теоретически можно, но механизм автонастройки и сейчас уже довольно сложный: события сдвига и изменения размеров - это разные события, каждое окно генерирует такие события самостоятельно, при возникновении события нужно изменить положение/ширину/высоту всех связанных окон (она еще должна знать, где они), не допустив при этом рекурсивного зацикливания (сдвиг мышкой границы вправо должен подвинуть вправо границу соседнего окна, а программный её сдвиг тоже вызывает событие его изменения и т.д.).
Я это написал для понимания того, что произвольную автонастройку сделать сложно. Выстроить слева-направо окна дерева данных, таксации и карты - думаю, можно, но Вы получите в результате минимум 4 вертикальных полосы (у карты есть свое дерево данных), и не будут ли они неудобной формы? Таксация в узком окне - это будет удобно? Придется организовывать его горизонтальную прокрутку? Либо перестраивать все экранные формы таксации и карточки?

Попробуйте сделать это вручную и оценить, хватит ли ширины. Я пока не очень себе представляю, как оптимально разместить все компоненты экранных форм в окнах, то есть как сделать лучше и во всех возможных режимах, чем есть сейчас. Предложения приветствуются (с картинками!).

В версии 739 проведена ревизия управления окнами программы.

Режим управления окнами, когда "Автонастройка размеров окон" включена.
- если в системе один монитор, окна располагаются: слева окно дерева данных, справа наверху окно карты, под ним панель данных; окна можно раздвинуть-сдвинуть кнопками с зелеными треугольниками, можно чередовать окна карты и панели данных через их закрытие крестиком; двойным щелчком по заголовку карты можно развернуть окно карты на весь экран и аналогично вернуть его в исходное состояние.
- если в системе два монитора и включена "Автонастройка размеров окон", становится видимой строка меню "Карта на втором мониторе", при включении которой окно карты полностью уходит на второй монитор, на первом остаются окно дерева данных и панель данных, как при работе без карты; по нашему мнению это очень удобный режим для производственного использования программы.

Режим управления окнами, когда "Автонастройка размеров окон" выключена.
- в этом случае программа запоминает положение окон как при работе в одним, так и с двумя мониторами, а окна Вы можете расположить произвольно, как Вам удобно; при запуске программа постарается вернуть зафиксированное положение окон, включая окно карты.
- при таком управлении окнами есть опасность, что запомненное положение некоторых окон окажется все видимости (пользователь изменил или система изменила размеры или положение экранов; ноутбук отстегнули и второй монитор исчез); для решения такой "аварийной" ситуации в системное меню свернутой программы в панели задач добавлен пункт "Автонастройка размеров окон", которые позволяет включить режим автонастройки и вернуть все окна в область видимости.