Расчет же идет по составляющим породам. То есть, все запасы пересчитываются через коэффициенты.

При расчете товаризации исключаются запасы исключенных пород... ОЗУ... и пр., которые есть в общем. Проверять нужно с учетом этих запасов.

По версии 6.8 ничего не могу сказать, мы ею лет 5 не пользуемся. Анализируйте данные запросами в 10-ке.

Породы исключаются не выделами. Исключается запас запрещенной к рубке породы. А это может быть и очень малый объем.

У 10-ки с 6-кой могут отличаться алгоритмы расчетов. В том числе за счет разных алгоритмов округления.

Не исключено, что за счет округления. Корневой запас выдела считается путем простого суммирования. А товаризация считается как сумма (запас * коэффициент/10). Естественно,что расхождение обязательно будет. Это вопрос случая, зависит от баланса округлений в большую и меньшую сторону.
Вот тут описан порядок поиска ошибок:
http://lesis.mybb.ru/viewtopic.php?id=257
Пробуйте найти конкретные выдела с расхождениями в случае если сумма расхождения постоянная. Если же она меняется в зависимости от наборов данных то это за счет округлений. Тут ничего не сделаешь - законы математики не отменить.
Например, получили товаризацию для двух равных частей - в одной расхождение ноль, в другой 14кбм. Затем разбили еще раз на две части проблемный участок. Если получилось 6+8=14 то ищите конкретные выделы с расхождением. Если же в одном случае это 6+8=14, в другом 2+9=11 то это округления. Примерно такая логика поиска.