На самом деле ему все равно с каким разделителем работать, однако, в свое время мы обнаружили, что на некоторых сложных операциях (например, внесение текущих изменений) при вычислениях системные библиотеки ждут от него именно точку вне зависимости от настроек самой системы. Это было установлено в отладчике и с тех пор мы просим ставить точку в системе и сами стали ориентироваться именно на нее. В систему точку прописывает инсталлятор по адресу:
[HKEY_CURRENT_USER\Control Panel\International] "sDecimal"="."
Однако, TopoL сам при работе не устанавливает и не меняет разделитель. Он берет системные установки.

Пишите, пожалуйста, конкретно, в каком именно поле она меняет точку. Для нас это из области фантастики и нам нужно воспроизвести это у себя, чтобы помочь Вам.

Что было?

Этот фактор может проявляться не только в "точке".