Разберем по порядку:

Это явно причина мигания всех выделов. Дмитрий Александрович при обсуждении прокомментировал  ситуацию так:

Но тогда получается, что у Вас и в базе таксации номера выделов обнулились!?
Если удалить номера выделов только в карте, то мигать ничего не будет. Я смог вызвать мигание двух выделов (2 и 4) только когда я удалил это поле и в карте и в базе таксации. Но в дереве объектов они переместились вверх участкового и сразу приняли вид:
Выдел 0
Выдел 0
Выдел 1
Выдел 3
Выдел 5
Но Вы об этом не пишете, т.е. в таксации номера выделов выглядят штатно!?
Такого я добиться от программы не смог - если в таксации номер, а в карте 0, то она такой полигон просто не видит и он не мигает совсем. Проверил.

Эта функция с базами ничего не делает - она лишь читает данные и в случае совпадения идентификаторов включает режим мигания. Это тоже чисто визуальный эффект - программа в это время в принципе ничего писать (удалять) не может. Поэтому она зависла на то время, которое она потратила на считывание очень большого для этой функции объема выделов, удовлетворивших условие поиска. И на момент зависания какая то проблема в базах уже была.
Чтобы понять какая, проще выслать нам образец в формате, описанном в п. 4.8 тут:
http://lesis.mybb.ru/pages/kak_zadat_vopros
А пока вспоминайте все что Вы или кто то еще делали перед появлением этой проблемы. Особенно рекомендую оценить вероятность работы с базами в сторонних инструментах, например, Акцесс. Детально сможет ответить Д.А. по базе, я лишь могу предположить, что если, например, была изменена структура баз данных то, возможно, программа оценивает результат такого изменения как идентичные значения. Присылайте, посмотрим.

Ставите курсор туда, где нужна цитата, затем выделяете курсором нужный текст из другого сообщения и жмете под ним кнопку "Цитировать".

Только что удалил по очереди все нулевые без проблем. Удалялись каждый раз только текущие под курсором.

Удалить можно в Акцесс или какой то еще сторонней программе. Не помню, возможно в 6-ке есть такая опция, но там это легко сделать в любом Dbf редакторе. А поскольку мы не мониторим работоспособность конвертера из 6-ки, то могут приходить оттуда.

Вы явно делаете что то не штатно при создании картографии.... Либо источником баз являются внешние данные из других программ...  Не разобравшись в том, чем отличается Ваша работа от рекомендованной в наших руководствах ( http://www.lesis.ru/infot/teh_vector.html ), Вы так и будете натыкаться на ошибки. А мы, в свою очередь, не сможем Вам помочь не зная что Вы делали. Ищите ошибки топологии, исправляйте их прежде чем двигаться дальше и разбирайтесь на каком этапе и по какой причине  они появляются. Перед созданием полигонов (литерацией) топологических ошибок в БД не должно быть совсем.
Если исходные данные внешние, можно посмотреть приведение их в порядок на примере импорта из Мапинфо:
http://www.lesis.ru/infot/teh_import_mapinfo.html

Это средство КОНТРОЛЯ, а не исправления:

А исправлять в зависимости от характера ошибки в данных. Если работать штатно, с правильными настройками создания и редактирования линий и в определенной последовательности, не топологических ошибок почти не бывает.

А какая там информативность нужна? Она по кнопке показывает кривой объект. Показать детально что именно не так в объекте, который программа не воспринимает корректно, трудно формализовать.

Для этого нужно иметь коллекцию  ошибок, тщательно описанных в части истории их появления. По фразам "ничего не делал", "делал правильно" и т.п. FAQ не сделаешь. Для того форум и создан, чтобы спрашивать как исправить КОНКРЕТНУЮ, описанную проблему. В таких случаях мы можем легко это сделать как это сделал Д.А. выше.

Да. Система отраслевого ИТ образования убита. Но мы своими микросилами ее не заменим... Все наши попытки сподвинуть лесные ВУЗы к преподаванию азбуки СОЛИ и хотя бы навыкам продвинутых пользователей ПК закончились безрезультатно. Они продолжают впаривать студентам неиспользуемые в отрасли продукты. Часто именно из-за этого и возникают ошибки в данных. Вчерашние студенты часто цифруют данные в том, к чему привыкли и что совсем не адаптированно к задачам ЛУ, а потом удивляются, что все огрехи этих не прикладных инструментов всплывают на более ответственных этапах, где эти инструменты бесполезны вообще...

Д.А. поправил сам блок, сделал читабельным в части литерации. Базу он не чистил и не должен ее чистить - это нужно делать Вам, тщательно ее проконтролировав:

Возможно, тогда и дубликаты IDTOPOL исчезнут. Базы с такими ошибками литеровать нельзя! Подсказать конкретные способы поиска и исправления я не могу, т.к. не знаю и не понимаю как Вы их получили - однозначно не "по руководству". Тут был либо импорт (из чего?) либо слияние баз с некорректно настроенными параметрами создания линий, либо оцифровка с такими же параметрами создания и не настроенными параметрами притягивания при ручной оцифровке. Возможно, были ошибки при чередовании оцифровки топологических объектов и линий, которые Вы хотели сделать нетопологическими (ручьи или дороги, например). Извините, но мы гадать не будем.
Думайте, анализируйте, исправляйте... И если после этого, когда все будет почищено и останутся дубликаты - присылайте базу, посмотрим еще раз.

Позволю себе дополнить Дмитрия Александровича.
Поскольку у Вас есть топологические ошибки и они естественно не ушли в блоке с исправленной таблицей перед тем как копировать атрибуты все же нужно исправить топологию. Если не хотите разбираться с каждой ошибкой вручную, то можно просто скопировать все линии в новый пустой блок, создать там полигоны и копировать уже туда. Быстрее всего это получится так:
- В файлере переименуйте блок _Vyd.blk (где есть база полигонов, но с ошибками дублирования) например в _Vyd_k.blk.
- Создайте копию блока _Vyd_s.blk (в котором ошибки дублирования IDTopoL не высвечиваются, но базы полигонов нет) с штатным именем _Vyd.blk.
- "Поиск - Выбрать в карте - В блоке _Vyd.blk все таблицы - Выбор - Все".
- Блок _Vyd.blk сделать редактируемым.
- "Изменить - Удалить объекты... - Удалить выбранное" и удаляете все содержимое этого нового штатного блока. Получаете пустой блок с полной копией пустых таблиц из исходного блока.
- Проверяете в "Изменить - Настройка - Параметры создания линий" корректность параметров в соответствии с нашими рекомендациями:
Параметры создания линий
Будьте осторожны при установлении параметров "притягивания"! На базах полученных импортом из нетопологических систем или из векторизаторов, в отличие от Тополя, часто бывает избыточное количество точек и при размере притягивания больше чем расстояние между этими точками притянуться может не там, где вы ожидаете... Начинайте устранять проблемы постепенно, начиная с минимальных значений притягивания.
- "Изменить - Линии - Копировать линии - Копировать линии". Указываете исходный блок, наверное любой, т.к. оба имеют нетопологические и проблемные линии. Копируете. На выходе - блок с линиями без критичных ошибок. В "Изменить - Линии - Линии без топологии и Проблемы в линиях" останется какая-нибудь мелочь типа коротких линий менее 0.1м (или то, что Вы укажете в параметрах создания), по которой  советую все равно пройтись и убедиться, что все нормально для Вас. А 5-мм щели и "летающие линии" превратятся в нормальные топологические.
- Теперь уменьшаете масштаб так чтобы видеть весь объект и создаете полигоны "Изменить - Полигоны - Новый полигональный объект - Создать все в указанном прямоугольнике" для "Выдел" и "Прозрачных" (если он Вам нужен).
- После этого делаете то, что предложил Дмитрий Александрович:
- Выполняете операцию "Изменить - Копировать атрибуты" для полигонов P7550 в новый блок _Vyd.blk с пустыми полигонами из блока _Vyd_k.blk (в котором есть БД 7550, но с проблемой дублирования IDTopoL).
- Если у Вас были нужные Вам идентификаторы и в "Прозрачных" то и для них тоже.
-

Наверняка где то что то перелетит не туда. Воспользуйтесь готовой окраской по номеру квартала - "Меню дерева - Тематическая окраска - Поквартальная окраска". Она покажет пропущенные или перелетевшие выделы. Они будут хорошо видны другим цветом на фоне основного цвета квартала. Ну и т.д. и т.п. проверяйте все.
И главное - разберитесь что Вы делали не так изначально! При штатной работе с Тополем таких топоошибок в таком количестве не бывает. Не занимайтесь полигонами вообще пока не разберетесь с линиями.

Как у Вас это получилось мы "угадать" не можем по тому минимуму информации, которую Вы дали. Могут быть проблемы с топологией объектов, скорее всего - необработанные "острова", пришедшие в результате импорта из других программ, т.к. при оцифровке в Тополе "острова" обрабатываются сразу же при создании полигонов. Похожая ситуация уже разбиралась на форуме, вот с этого места:
http://lesis.mybb.ru/viewtopic.php?id=806#p8120
Рекомендации как исправлять начинаются отсюда:
http://lesis.mybb.ru/viewtopic.php?id=806#p8122

Если у Вас корректно организовано архивирование данных, то данные никогда не могут быть потерянными в объеме более чем за один сеанс работы.

Так Вы "цифруете" или "литеруете"? Нет смысла литеровать базу, в которой могут быть ошибки топологии. Как их исправлять описано тут:
http://www.lesis.ru/infot/teh_topologia.html
а также в других местах с сайта и форума, где рассматривались вопросы импорта из других программ.