Постараюсь объяснить, почему именно так. Отбор в этом режиме выполняется поэтапно несколькими запросами - от нижних уровней к верхним, то есть, например, сначала в породах с установкой "галочек" там, после в ярусах с учётом результата отбора в породах с установкой "галочек" в ярусах, и в завершение уже выполняется отбор на уровне выделов с учётом отбора ярусов. И перед таким отбором сбрасываются все "галочки" во всех макетах всех уровней.
Другие виды отбора - это корректировка существовавшего ранее отбора, при котором набор отобранных на данный момент выделов может как дополняться, так и уменьшаться, а полного сброса ранее установленных на нижних уровнях "галочек" не происходит в возможна ситуация, когда там остались "галочки", уже не используемые после корректировки запроса на верхнем уровне, что может привести к некорректной работе операции групповой замены по этим "галочкам". То есть гарантировать правильную установку "галочек" нижних уровней при корректировке отбора не получается.

Обращаю внимание, что проверка на наличие записей нижнего уровня вроде "есть ярусы" или "есть породы" выполняется с верхних уровней и "галочки" на нижних устанавливать не может.