Маленькое уточнение: установить нужные группы для встраиваемых линий лучше до копирования/встраивания, пока они не раздробились по кварталам и выделам, так будет проще.

Если под "заниматься" Вы понимаете их оцифровку то не правильно. Цифровать можно все подряд или по типам линий (чтобы не переключаться), кому как удобнее, но лучше до литерации, так как в этом случае Вы корректнее проставите метки для выделов, пересекаемых линейным выделом.
А вот нумерация линейных у Вас в любом случае получится последними номерами, так как осуществляется при увязке площадей, то есть, когда полигоны уже пролитерованы.
Последовательность оцифровки важна лишь для окружных границ, поскольку для них может потребоваться геожурнал (если сейчас делаете такой...)). Можно в самом начале оцифровать только поворотные точки окружных границ и сохранить это в отдельный блок или как нетопологическую линию в блок линейных (VydL). Тогда в этой таблице будут только точки поворота без промежуточных точек, которые создаются при оцифровке выделов... кварталов.. дорог... На этом этапе удобно сверять смежества лесничеств и раздавать по исполнителям эти границы как общие.
Потом скопировать границу в стандартный блок и там уже с включенной топологией цифровать все остальное в единую БД.
Примерно так.

Нет. Это трудно формализовать в соответствии с требованиями ЛУ. Например, для ГИС составляющей выделы, раздробленные линейными объектами на несколько полигонов - это именно несколько полигонов - выделов. И только таксатор сможет "объяснить" ГИС, какие из них одно целое.  И даже если линейники лишить топологии в пределах квартала эта проблема останется для колочных выделов, но добавятся другие - возможное наложение меток на линейники, о которых полигоны больше не будут "знать" и визуальное отсутствие меток в частях выделов, разделенных линейниками. Придется проставлять вручную номера или какие то ручные метки, характерные для "ручных планшетов". Выиграв 10 минут на квартал на литерации, Вы потом больше времени потратите на эти манипуляции.

Это удобнее делать в совмещенной базе. То есть, если выделы уже связаны с картой - выделяете в дереве объектов через шифт-курсор все линейные выделы и последний площадной. Затем по правой кнопке на этих выделенных выделах выбираете "Изменить номер(а)...". Выпадает окошко с перечнем номеров для переименования (например, 25,26,27,28), а внизу под ним - пустой перечень для новых номеров.
Кнопкой ">>" Вы заполняете этот пустой перечень номерами. Они автоматически заполнятся номерами начиная с номера на единицу больше чем последний реальный выдел (в нашем примере 29,30,31, 32). Так как Вам нужно освободить номер в середине то затем кнопкой "-" напротив нового перечня уменьшаете сразу все номера на 1-цу пока первый из них не станет нужным. В нашем примере - 26,27,28, 29. Жмете выполнить и ждете завершения.
Затем также по правой кнопке на последнем выделе жмете "Изменить номер(а)..." и присваиваете ему освободившийся номер 25.
Я бы после этого закрыл и открыл лесничество на всякий случай. Операция не тривиальная - номера правятся синхронно и в карте и в таксации.
Так же можно и кварталы перенумеровывать. Писал длинно, а делается быстро.