Да нет. Даже у FAT32 ограничение - 65534 записи в каталоге. Но сейчас вряд ли кто то его использует. А у NTFS ограничений нет.

В отличие от 6.8 десятка ничего не ищет. Берет по списку дерева объектов.

Не так однозначно, мы долго думали когда выбирали эту структуру:
- Если речь о работе с файлами в ручном режиме то нам как раз жаловались на множество кликов при необходимости перебирать глубоко вложенные папки при обращении к соседним уч.лесничествам.
- На крупных запросах, например, по региону, Тополю эти папки задачу никак не облегчат, поскольку больше всего времени уходит именно на открытие и закрытие файла, а не на его "поиск". Собственно, поиска нет никакого, открытие идет по идентификатору. Кроме того, на задачах, которые реально могут быть востребованы на уровне региона у нас всего один файл _uch - "Данные по лесничествам".
- Даже если мы тут договоримся после обсуждения с другими участниками о целесообразности изменения структуры БД, вопрос потребует слишком серьезной переработки, учета реального и незнакомого нам состояния БД пользователей, соответствующего тестирования и на данном этапе, когда пользователями очень слабо протестирован основной функционал, мы не сможем это даже обсуждать.

Разработчики-то потенциальные, а имеющиеся пользователи - реальные, у нас сейчас жизнь сложнее, чем в 6.8, присоединяюсь в этом вопросе к Юрию.
Мне сейчас проще под каждого арендатора заводить свой раздел БД и держать там все связанные с ним блоки-данные-растры-и.т.п. Это облегчает управление данными, перенос, копирование, архивирование.
Представить папку с 5 тысячами вложенных папок не могу, и как с нею работать тоже.

Завожу новую тему для обсуждения и несваливания всего в одну кучу, потому что к лесосекам это не относится.