Ну, я попробовал - импортировал данные MapInfo, галочку не ставил - все, вроде бы нормально, внутри больших полигонов маленькие "островные", у них своя идентификационная база, они красятся своим цветом. В топологической модели полигоны не могут накладываться, как в MapInfo, при неправильном импорте линия острова вообще не образует полигона, хотя и лежит внутри него. Возможно Вас смущает визуализация при выборе курсором?
Кстати, легко проверить, есть ли внутри большого полигона вложенные острова - выведите в качестве метки выражение %INCLUDESAREA - у всех полигонов, у которых простой контур, будет метка F, а где есть острова - метка T (функция возвращает логическое значение TRUE/FALSE).
Другой способ контроля - покрасьте полигоны номером выдела (цвет - номер выдела; символ - сплошная закраска). Островки должны окрасится в другой цвет.
P.S. Режим импорта с "галочкой" был сделан в связи с нем, что данные в формате MapInfo, но не из MapInfo, не всегда корректны в части островов.








